Его история началась в XV-XVI вв., когда на месте нынешнего строения возвышалась деревянная церквушка. Деятельность монастыря тесно связана со скальным скитом «Пещера». Свидетельств о деятельности скитов в этой зоне в XVIII-XIX веках не существует. К концу XIX века монашескую жизнь в этой зоне начали возрождать. В 1905 году монастырь Рождества Богородицы освятили и вновь открыли. С установлением советской власти монастырь Рождества Богородицы, в том числе скальный скит Рождества Богородицы, преобразовали в музей под открытым небом. В 1947 году инвентарь монастыря – книги и иконы – передали нескольким украинским монастырям. В 1968 году сняли и колокола, которые заменили газовыми баллонами. Нынешние колокола привезли недавно из России. Действующая здесь монашеская община была официально зарегистрирована в 1996 году, а богослужения стали проводить 1998 году.

Являясь частью скального комплекса Бутучень, скит «Пештера» включает в себя церковь, 11 монастырских келий, колокольню и массивный каменный крест. Святилище было построено путем повторного использования старых помещений, следы которых обозначены на поверхности стен. Все 11 келий были высечены  в скалистом крутом берегу Рэута ещё в 15 веке и пережили несколько периодов функционирования.

Завершение скиту придают колокольня и массивный каменный крест, датируемые  XVIII веком. Часто у этого креста можно видеть пары молодоженов, стремящиеся увековечить день своего венчания в этом наполненном легендами месте.

Комплекс, состоящий из пещерной церкви и 9 монастырских келий, расположенных на высоте 25 м, датируемый XVII в. н.э.  Отличается лапидарными средневековыми надписями, выполненными кириллицей на славянском и румынском языках, и являющимися уникальными надписями такого рода, сохранившимися на территории Республики Молдова.

Строительство приписывают орхейскому пыркэлабу Босие, основательная надпись которого запечатлена у входа в церковь в далеком 1665 году.

Примыкающие к церкви 9 келий интересны своим внутренним устройством: каменными кроватями, печами, оконными проемами, а также следами различных деревянных конструкций: перегородками, балками и т. д.

В памяти местных жителей запечатлелось название «Фередеу», что означает курорт или городская баня. Одна из этих трех татарских бань находится на берегу реки Рэут. Сохранившиеся стены, когда было были основанием прочного каменного сооружения. В 1948-1950 годы археологи обнаружили на территории Старого Орхея на берегу реки Рэут руины трех строений. Как оказалось, это – бани эпохи Золотой Орды. Строения были оснащены системой отопления, там были предусмотрены трубы для отвода перегретого пара, достаточно хорошо разветвленные сети водоснабжения. Внутри можно заметить руины залов для купания, раздевалок, котельных и хозяйственных построек. Стены строения были выполнены из почти необработанного острого, но прочного камня, поэтому его основание сохранилось до настоящего времени. Баня, руины которой можно увидеть и сегодня, была одной из трех, построенных в первой половине XIV века в различных частях городища.

Типичное хозяйство села Бутучень датируемое XIX-XX вв. Внутреннее убранство включает дом, подвал, погреб, сушилку для фруктов, называемую лозницей, жернова и другие предметы. Всё это огорожено каменной стеной, отделяющей молдавского крестьянина от внешнего мира. Не больше, и не меньше, чем требовалось обычному домашнему хозяйству — каждое строение имело свое предназначение: погреб использовался для хранения припасов, башка использовалась в качестве летнего домика, лозница служила специальной печью для сушки фруктов, а жернова использовались для измельчения злаков — без цифровых технологий и дисплеев, все делалось вручную. Мы вас заинтриговали? Приезжайте и посмотрите, как был устроен настоящий дом в селе Бутучень!

Будучи идеальной со стратегической точки зрения зоной, бассейн реки Рэут был территорией проживания для одного из самых известных народов древности — гето-даков. Гето-дакийская крепость, расположенная на бутученском скальном выступе, является старейшим укрепленным сооружением в Старом Орхее, датируемым VII — V вв. до н.э. Изначально это была цитадель, которая позже была увеличена до размеров настоящей крепости. Данное место претерпело множество изменений за четыре столетия существования: расширение помещения, обустройство новых укреплений, перепланировка старых, изменение структуры, и все это защищено 10 защитными линиями, состоящих из валов, рвов, одной стены и частокола.

В комплексе сохранилось около 20 пещерных помещений, расположенных на пяти уровнях, некоторые из которых соединены друг с другом. Сохранившиеся кельи очень маленьких размеров, предназначены для особо аскетичного проживания, что подтверждается их расположением на высоте 70-80 метров над водой. В настоящее время скит находится в процессе деградации из-за стихийных бедствий. Доступ туристов на территорию ОГРАНИЧЕН.

В Музейном комплексе «Старый Орхей» действует выставочный центр, где можно посмотреть ценные археологические находки, обнаруженные на территории заповедника при раскопках. Экспонаты в выставочном центре разбиты по историческим эпохам и отражают все биотопические этапы цивилизаций, живших в микрозоне Старый Орхей. В фондах музейного комплекса хранятся впечатляющие коллекции, включающие около 6000 предметов (орудия труда, оружие, стекло, монеты и пр.) и более 100 тыс. фрагментов керамики. В выставочном центре представлены и экспонаты краеведческого характера: ткани, традиционная крестьянская одежда, металлические украшения и пр. Тематические выставки, работающие в музейном комплексе, включают элементы средневековой и современной архитектуры.