Mănăstirea își are începuturile din secolele XV–XVI, când pe locul actualei construcții a existat o bisericuță din lemn. Activitatea mănăstirii a fost strâns legată de schitul rupestru „Peștera”. Nu se găsesc mărturii ale activității schiturilor din zonă în perioada secolelor XVIII–XIX. Către sfârșitul secolul XIX viața monahală din zonă a început a fi reanimată. La 1905 mănăstirea Nașterea Maicii Domnului a fost sfințită și redeschisă.
După instaurarea regimului sovietic, mănăstirea Nașterea Maicii Domnului, inclusiv și schitul rupestru Adormirea Maicii Domnului, au fost transformate în muzeu în aer liber. În 1947 inventarul mănăstirii – cărți și icoane, au fost cedate unor mănăstiri din Ucraina. În 1968 au fost scoase și clopotele, fiind înlocuite cu butelii de gaz. Clopotele actuale au fost aduse recent din Rusia. Actuala obște monahală a fost înregistrată oficial în 1996, iar slujbe au început a fi oficiate din 1998.

Parte componentă a complexului rupestru Butuceni, Schitul „Peștera” cuprinde o biserică, 11 chilii monahale, clopotniță și o cruce masivă din piatră. Lăcașul sfânt a fost construit prin refolosirea unor încăperi mai vechi, ale căror urme se profilează pe suprafața pereților. Cele 11 chilii au fost săpate în malul abrupt al Răutului încă în secolul XV, având mai multe perioade de funcționalitate.

Schitul se completează cu o clopotniță și o cruce masivă din piatră, ce datează din sec. XVIII. Deseori veți vedea mergând spre această cruce cupluri de miri, dornici să-și imortalizeze ziua cununiei în acest loc plin de legende.

Complex compus dintr-o biserică rupestră și 9 chilii monahale, situate la 25 m înălțime, datează din secolul XVII d. Hr. Se remarcă prin inscripțiile medievale lapidare, scrise cu grafie chirilică în limbile slavonă, română, unice de acest gen, păstrate în Republica Moldova. Construcția îi este atribuită Pârcălabului de Orhei Bosie, care a lăsat o inscripție ctitoricească la intrarea în Biserică, în îndepărtatul an 1665.

Cele 9 chilii adiacente bisericii sunt interesante prin amenajarea lor pe interior: paturi de piatră, vetre, deschiderile de ferestre, dar și urme ale diferitor construcții de lemn: pereți despărțitori, grinzi etc.

În memoria localnicilor, denumirea acestui loc este cunoscută sub forma de „Feredeu”, ceea ce semnifică stațiune balneară sau baie orășănească. Locația uneia dintre cele 3 Băi Tătărești se afla pe malul Răutului, în prezent acest loc poate fi observat prin intermediul zidurilor rămase, ce reprezintă fundația unei clădiri fundamentale de piatră. În anii 1948-1950, arheologii au descoperit în limitele Orheiului Vechi, pe malul  Răutului, vestigiile a trei construcţii, ce s-au dovedit a fi băile din epoca Hoardei de  Aur. Construcțiile erau dotate cu sistem de încălzire, aveau țevi de evacuare pentru vaporii supraîncălziți și posedau rețele de alimentare cu apă destul de ramificate. În interior pot fi vizibile rămășițe a ceea ce cândva au fost săli de baie, vestiare, camere de foc și anexe gospodărești. Pereții clădirii erau făcuți din piatră colțuroasă puțin prelucrată, dar rezistentă, fapt datorită căruia fundamentul clădirii s-a păstrat până în prezent. Baia, ale cărei fundații s-au păstrat până în prezent, este una din cele trei feredeie realizate în prima parte a sec. XIV în diferite colțuri ale orașului.

Gospodărie tipică pentru satul Butuceni datează cu secolele XIX-XX. Interiorul gospodăriei cuprinde casa, bașca, beciul, loznița, râșnița și alte elemente adiacente, toate acestea fiind îngrădite cu un zid de piatră ce-l delimita pe țăranul moldovean de lume. Nici mai mult, nici mai puțin decât i-ar fi trebuit unei gospodării – fiecare construcție își avea menirea sa: beciul era pentru păstrarea proviziilor, bașca – locuința de vară, loznița reprezenta un cuptor special pentru uscarea fructelor, iar râșnița servea gospodarilor la măcinarea cerealelor – fără tehnologii și ecrane digitale, totul se făcea manual. Te-am intrigat? Vino și vezi cum funcționa o gospodărie autentică din Butuceni!

Fiind o zonă perfectă din punct de vedere strategic, bazinul râului Răut a găzduit unul dintre cele mai vestite popoare ale antichității – Geto – Dacii. Amplasată pe suprafața promontoriului Butuceni, Cetatea geto-dacilor este cea mai veche construcție fortificată din Orheiul Vechi, datând din sec. VII – V î. Hr. Inițial – citadelă, mai târziu lărgită până la dimensiunile unei cetăți adevărate, locația a suferit multe schimbări de-a lungul a patru secole de existență: lărgirea incintei, amenajarea unor noi fortificații, reamenajarea celor vechi, schimbarea structurii, toate acestea protejate de 10 linii de apărare formate din valuri, șanțuri, un zid și o palisadă.

Complexul păstrează circa 20 de încăperi rupestre situate în cinci nivele, unele dintre acestea fiind legate între ele. Chiliile care s-au păstrat sunt de dimensiuni deosebit de mici, destinate unei existențe austere, fapt confirmat și de amplasarea acestora la o înălțime de 70-80 de metri deasupra apei. În prezent, schitul este în proces de degradare din cauza calamităților naturale. Accesul turiștilor în zonă este LIMITAT.

Complexul muzeal „Orheiul Vechi” dispune de un centru expozițional în cadrul căruia sunt integrate prețioase vestigii arheologice, descoperite pe teritoriul rezervației în timpul săpăturilor.

Centrul expozițional este structurat în funcție de epocile istorice și reflectă toate etapele biotopice ale civilizațiilor locuitoare în microzona Orheiul Vechi.

În fondurile complexului muzeal sunt depozitate colecții impresionante de obiecte de patrimoniu, care conțin circa 6000 piese de inventar (unelte, arme, sticlă, monede ș.a.) și peste 100 mii fragmente de ceramică.

De asemenea, vernisarea include exponente etnografice: țesături, haine tradiționale țărănești, podoabe din metal ș.a.  Sub forma unor variate expoziții tematice în incinta complexului se regăsesc elemente de arhitectură medievală și modernă.